Территория района общей площадью 3374 км² расположена в крайней северо-восточной части   Новосибирской области на расстоянии 126 км от областного центра г.Новосибирска, граничит с Томской, Кемеровской областями, Мошковским, Тогучинским, Колыванским районами.