Проект капитального строительства очистных сооружений поверхностного стока ливневых и поверхностных вод на территории Новосибирской ГЭС получил положительное заключение государственной вневедомственной экспертизы. Проектная документация общей стоимостью более 7 миллионов рублей была выполнена новосибирской компанией «ВентКомплекс».
Проект, разработанный в рамках Программы реализации экологической политики ОАО «РусГидро» на 2009-2011 годы и долгосрочной Программы технического перевооружения и реконструкции филиала ОАО «РусГидро» — «Новосибирская ГЭС» до 2030 года, предусматривает строительство четырех очистных сооружений, что позволит исключить загрязнение реки Обь от поверхностных и дренажных вод с территорий, прилегающих к гидроэлектростанции. Предварительная оценка стоимости строительства составляет около 190 миллионов рублей.