В конкурсе на присвоение этого статуса, объявленном 1 августа 2009 года, приняли участие 110 вузов из разных регионов России. На первом этапе представленные программы развития прошли независимую экспертизу, на основании которой были определены 28 финалистов. Из них путем тайного голосования членов комиссии были выбраны 12 вузов-победителей, которые получат финансирование для приобретения оборудования, необходимого для осуществления образовательного процесса и повышения квалификации педагогов, а также научных исследований и развития информационных ресурсов. Объем средств, выделяемых на эти цели до 2018 года, составил 1,8 миллиарда рублей для каждого вуза-победителя.
В финале конкурса в числе 28 заявителей присутствовал и другой новосибирский вуз – НГТУ, однако в конечном итоге он не попал в число учебных заведений, которым будет присвоен статус национального исследовательского университета. Помимо НГУ, Сибирский регион в числе победителей представлен Томским политехническим университетом. При этом 6 из 12 вузов-победителей расположены в Москве и Санкт-Петербурге.