Три недели на ГЭС работала выездная Комиссия Западно-Сибирского Управления федеральной службы по экологическому, технологическому и атомному надзору. Контролирующие мероприятия были плановыми, однако в связи с аварией на Саяно-Шушенской ГЭС комиссия начала свою работу на две недели раньше, чем предполагалось изначально. В целом по результатам проверки существенных недостатков, способных повлиять на работу гидроэлектростанции в осенне-зимний период 2009-2010 годов, не выявлено.
Тем не менее, учитывая, что постоянная эксплуатация ГЭС ведется с 1961 года, сооружению требуется реконструкция. Основные параметры программы технологического и технического перевооружения сроком на 15 лет были разработаны ОАО «РусГидро» после вхождения Новосибирской ГЭС в состав компании в 2007 году. Общий объем средств, направленных на модернизацию гидроэлектростанции с 2007 до конца 2009 года, составит 1,2 миллиарда рублей. В 2010 году на эти цели планируется направить 1,8 миллиарда рублей.