Как выяснила транспортная прокуратура, компания «Экспресс-пригород» с марта по октябрь 2008 года работала без лицензии на осуществление деятельности по перевозке пассажиров железнодорожным транспортом. При этом по закону, осуществлять перевозку пассажиров без лицензии компания не имела права. Однако электропоезда совершали рейсы по расписанию, перевезя за это время более 18 миллионов пассажиров.
В настоящее время новосибирский транспортный прокурор вынес постановление направить материалы проверки в следственный отдел линейного ОВД на станции Новосибирск для решения вопроса об уголовном преследовании по ч. 2 ст. 171 УК РФ – осуществление предпринимательской деятельности без специального разрешения (лицензии).