В июне 2010 года Благотворительный фонд В. Потанина подвел итоги работы Федеральной стипендиальной программы в 2009/2010 учебном году. По итогам был составлен комплексный рейтинг ведущих российских вузов.
В качестве критериев оценки вузов взяты интеллектуальный (балл за тестирование) и личностный потенциал (балл за студенческий игровой тур) студентов и профессиональный уровень молодых преподавателей (балл за конкурсы преподавателей).
Первое место по совокупности баллов в рейтинге российских государственных вузов занял Новосибирский государственный университет (18,28 балла). Соответственно этот же вуз стал лидером рейтинга и в своем Сибирском Федеральном округе.
На втором месте оказался Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова (17,76 балла). «Бронзу» получил Воронежский государственный университет (17,75 балла). Четвертое место в рейтинге у Томского политехнического университета, а пятое у Пермского государственного университета.
Новосибирский госуниверситет лидирует в общефедеральном рейтинге по «Преподавательскому баллу». Это оценка работы молодых преподавателей вуза (до 35 лет, имеющих ученую степень и стаж работы в вузе более 3-х лет). Помимо экспертов своих преподавателей оценивают и студенты, которым те преподают, что повышает объективность оценки.
В 2008/2009 учебном году НГУ также занимал первую строчку в рейтинге Благотворительного фонда В. Потанина.