По территории района протекает река Обь. Кроме этого, территория района богата озерами. Наиболее крупные из них – Мензилинское – «жемчужина» Колыванского района (муниципальное образование Новотроицкий сельсовет), о. Белое, система озер Казыки.

 

На территории района расположены месторождения суглинков кирпичных (балансовые запасы 1708 тыс. м³), песчано-гравийных материалов (запасы 3730 тыс. м³), песков строительных (979 тыс. м³) и сапропелей (10268 тыс. м³).

 

На территории района расположено 1 месторождение камней строительных (запасы 16002 тыс. м³), эксплуатируемое ЗАО «Новосибирскагропромдорстрой» (Карьер).